Im AKEK wirken derzeit 12 Arbeitsgruppen. Sie sind von der Mitgliederversammlung eingesetzte Expertenteams, welche sich zumeist mit einem konkreten Thema beschäftigen. Sie haben die neuesten rechtlichen Veränderungen im Blick, erstellen Handreichungen für die Arbeit in den Komissionen, sowie Mustertexte für Antragsteller und Sponsoren.