Im AKEK wirken derzeit 13 Arbeitsgruppen. Sie sind von der Mitgliederversammlung eingesetzte Expertenteams, welche sich zumeist mit einem konkreten Thema beschäftigen. Sie haben die neuesten rechtlichen Veränderungen im Blick, erstellen Handreichungen für die Arbeit in den Komissionen, sowie Mustertexte für Antragsteller und Sponsoren.
Das Logo des Arbeitskreises zeigt den Kentauren Chiron, den Sohn der Nymphe Philyra und des Kronos. Chiron war der Lehrer des Asklepios (Aesculapius) und galt in der Antike als mythischer Schutzpatron der Medizin.
